Deux virus que personne n’avait jamais décrits viennent d’être identifiés dans des tissus de globicéphales tropicaux et d’orques des Caraïbes. L’étude, parue le 6 janvier 2026 dans Virology, ne dit pas qu’ils rendent malades les animaux qui les portent. Elle dit qu’ils existent, qu’ils étaient invisibles, et que l’on ignore ce qu’ils font. C’est précisément ce qui la rend intéressante.
Ce qu’est un circovirus
Les circovirus comptent parmi les plus petits virus connus à infecter les animaux : un génome circulaire d’ADN simple brin d’environ deux mille bases, une coque protéique, et rien d’autre. Pas d’enveloppe, très peu de gènes, une dépendance totale à la machinerie de la cellule hôte.
Cette simplicité ne présage pas de leur innocuité. Le circovirus porcin de type 2 est responsable d’une maladie de dépérissement qui a coûté cher aux élevages européens, et son mécanisme principal est une immunodépression : le virus n’attaque pas directement, il affaiblit les défenses et laisse le reste faire. Chez les cétacés, un circovirus décrit antérieurement chez une baleine à bec avait déjà été soupçonné d’un effet de ce type.
D’où viennent les échantillons
Le matériel n’a pas été prélevé pour cette étude. Il provient de tissus archivés d’animaux morts, obtenus dans le cadre d’une collaboration avec les chasseurs de subsistance artisanaux de Saint-Vincent, dans les Petites Antilles, où une pêche traditionnelle de globicéphales subsiste sous encadrement.
Ce point mérite d’être relevé pour lui-même. Une bonne part de ce que l’on sait de la santé des grands cétacés vient de matériel que l’on n’a pas choisi : échouages, prises accidentelles, chasses encadrées. Les animaux vivants au large ne se prêtent pas à la biopsie de routine, et les collections de tissus constituées au fil des décennies servent aujourd’hui à des questions que personne n’avait posées quand elles ont été faites.
Sept génomes complets
L’équipe, réunie autour d’Arvind Varsani à l’université d’État d’Arizona avec Matthew De Koch en premier auteur, a passé ces tissus au séquençage à haut débit. Cette approche ne cherche pas un virus en particulier : elle lit tout ce qui se trouve dans l’échantillon, puis trie.
Sept génomes complets de circovirus en sont sortis : cinq chez des globicéphales tropicaux, deux chez des orques. Assez différents des circovirus connus pour constituer deux espèces nouvelles, que les auteurs ont nommées shofin circovirus et orcin circovirus. C’est la première détection de circovirus de cétacés dans cette région de l’Atlantique Nord.
La collaboration dépasse le cadre nord-américain : l’université de Coastal Carolina, l’université du Sud, l’université des Indes occidentales à Cave Hill à la Barbade, l’université du Cap en Afrique du Sud et l’Institut Pasteur figurent parmi les signataires.
Une particularité de structure
Les deux virus partagent un trait inhabituel : leur protéine de capside porte des boucles exposées en surface anormalement longues. La boucle dite E-F fait près du double de celle du circovirus porcin de type 2.
Ces boucles sont la partie du virus que le système immunitaire rencontre en premier, et celle qui détermine à quoi il s’accroche. Une géométrie aussi différente suggère soit un autre type de cellule cible, soit une autre manière d’échapper aux anticorps. Suggère seulement : aucune expérience n’a été menée sur ce point.
Une origine peut-être très ancienne
La position de ces deux virus dans l’arbre des circovirus conduit les auteurs à une hypothèse qu’ils formulent avec prudence : les circovirus pourraient avoir infecté les ancêtres des cétacés modernes tôt dans leur histoire évolutive, c’est-à-dire à l’époque où ces animaux revenaient à l’eau.
L’hypothèse est séduisante et demande beaucoup plus de matériel. Il faudrait des génomes viraux issus d’un éventail bien plus large d’espèces de cétacés, et de préférence des deux grands groupes, pour vérifier que la ressemblance entre virus suit la parenté entre hôtes. Les auteurs le disent : la démonstration reste à faire.
Trois questions laissées ouvertes
1. Rien sur la maladie. Trouver un virus dans un tissu ne prouve pas qu’il a rendu l’animal malade, ni même qu’il se multipliait. Beaucoup de virus circulent sans effet perceptible. Établir un lien de cause à effet supposerait de comparer des animaux atteints et indemnes, avec des lésions décrites, ce qui n’a pas été fait.
2. Rien sur la transmission. On ignore comment ces virus passent d’un animal à l’autre, et s’ils circulent au sein des groupes sociaux très soudés que forment globicéphales et orques. La question n’est pas anodine : un pathogène immunodépresseur dans une population petite et socialement dense se comporte autrement que dans une population dispersée.
3. Un échantillon minuscule et localisé. Sept génomes, deux espèces hôtes, une région. La prévalence réelle est inconnue, et rien ne dit que ces virus soient limités aux Caraïbes. Le globicéphale tropical fréquente d’ailleurs les eaux françaises d’outre-mer, où il est régulier aux Antilles comme en Nouvelle-Calédonie.
Il reste que l’exercice a une valeur en soi. Chercher sans hypothèse dans du matériel déjà collecté révèle une couche de la vie marine que personne ne regardait, et pose des questions que l’on ne savait pas avoir à poser.
Source : De Koch M., Varsani A. et coll., « Novel circoviruses identified in short-finned pilot whale and orca from the North Atlantic Ocean », Virology, volume 615, article 110768, 6 janvier 2026.
